アニメ「電脳コイル」は、２００７年に第39回星雲賞メディア部門、
第29回日本SF大賞などを受賞しています。
小説『電脳コイル』は、アニメ版の脚本も 担当した宮村優子が
磯光雄の原作をもとに独自の解釈を加え、小説として書き下ろした作品です。
アニメでは省かれた設定なども入っているということで、
第1巻の発売はアニメ版の放送開始よりも先の２００７年4月です。

アニメは見ていないため、どこが違っているか書けないのですが、
ウィキ先生によると、「アニメ版とはストーリや設定に異なっている点が多い。
アニメ版では省略された企画段階での原設定なども数多く見られる。」
とのことです。
具体的には、「電脳メガネの有効期間が6年（7歳から13歳の誕生日まで）とされ、
期限が切れると使えなくなる。年齢制限により老人のメガばあや
5歳の京子は使用できないことになっている。
期間中に完全に壊れた場合はそれで終わりとなる。」といった点が違うそうです。

１３巻で今まで張られた伏線は、全て回収されていますが、
最大の謎の「電脳コイル」とは何か、がパズルの回答のように
簡単に明かされているので、盛り上がりに欠ける点が。
ストーリー的には、全て繋がりまとまったわけですが、
いそいでまとめたような感があり、作中に溶け込めませんでした。
この傾向は１２巻から感じていたことですが。

この小説「電脳コイル」については、サークル「ＳＦファンの集い」
の掲示板にあらすじ等を書いているので、
興味ある方は見てください。
http://www.nicotto.jp/user/circle/articledetail?c_id=15575&a_id=544571

最終的なまとめの感想もこちらに載せます。